1964年下半年学校机构调整,撤销了基础医学部和基础医学部党总支,新成立教师、学生两个总支,原基础医学部的职能由教师党总支行使。由于“文化大革命”的冲击,基础医学部的发展基本处于停滞状态。在此期间,学校经历了和原南京中医学院合并的过程。
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