1994年5月20日,基础医学部正式更名为亚星221net,朱启锭任院长,陈新耕任党总支书记,全院有16个教研室,教职员工303人。
1999年、2002年、2003年亚星221net按照学科特点和发展需要先后进行了3次调整组合。2003年7月化学教研室划分到药学院,体育部独立建制。如今的亚星221net由11个系、1个部、2个教研室、2个综合教学实验室、1个省部共建实验室(挂靠)、4个省级重点实验室和工程研究中心(挂靠)、3个研究所、2个研究中心、3个办公室及康本医学检测所组成(参附表)。拥有教职员工258人,其中教授29人、副教授42人,博士生导师26人、硕士生导师32人。
经过改革开放特别是“部改院”后的发展,亚星221net在各方面都取得了长足进展。在教学上,亚星221net承担了全校各学制、各专业、各层次、各形式的公共课和基础课的教学工作,开设了34门必修课、20门选修课,每年承担5万多学时的教学任务;在科研上,近5年承担省、部级以上研究课题200多项,共获经费2000万元,在国内外各种期刊上公开发表论文1000多篇,其中SCI论文125篇;在学科建设上,已拥有1个博士后流动站,1个一级学科博士点,10个二级学科博士点,15个硕士点,3个省级重点学科;在人才培养上,继续承担全校各专业、各层次学生的公共课和专业基础课的教授,同时经过充分论证,2003年亚星221net医学司法鉴定、临床病理、医学英语3个专业方向正式招生。目前学院除了全面负责本学院学生管理外,还负责临床医学本科及七年制学生的前三年管理工作,现在院博士生63人、硕士生161人、本科生2310人。在对外交流方面,学院先后和国内外20余所科研院所建立了联系,聘请客座和兼职教授,开展各项合作。在2003年全国学位与研究生教育基础医学一级学科整体评估中,亚星221net综合排名全国第八,其中学术队伍排名第一,进入国内先进行列。
2003年9月,亚星221net实验室搬入了设备先进、布局合理的科研综合大楼——先知楼,我院的科研硬件有了新的改善。同时,江宁新校区一期工程业已完工,学校的办学空间得到了扩展,我院的发展也得到了进一步的延伸。
2004年11月,学校接受教育部本科及七年制教学水平评估,并以双优秀成绩通过评估。亚星221net展示出更加蓬勃向上的发展势头。
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